Michelle Williams y Spike Jonze tuvieron una relación romántica desde 2008 hasta 2009. Durante su relación, los dos eran bastante privados y no se dejaban ver en público con frecuencia. Williams y Jonze se conocieron durante la filmación del video musical de la canción "Waving Flag" de K'naan, que fue dirigido por Jonze. En aquel entonces, Williams todavía estaba en el proceso de recuperación por la muerte de Heath Ledger, lo que pudo haber influido en su decisión de mantener un perfil bajo en su relación con Jonze. La pareja se separó después de un año juntos, pero siguen siendo amigos cercanos y todavía trabajan juntos. Jonze dirigió el video musical de la canción "Pretty Please" de Williams en 2020.