Johann Wilhelm de Saxe-Altenburg era hijo del duque Federico Guillermo II de Sajonia-Altenburg y de la princesa Magdalena Augusta de Anhalt-Zerbst. Nació el 12 de julio de 1849 en la ciudad de Hildburghausen. Se convirtió en duque de Saxe-Altenburg en 1901, tras la muerte de su sobrino, el duque Ernesto II. Durante su reinado, Johann Wilhelm se centró en mejorar la economía del ducado y en la modernización de la infraestructura local. También se preocupó por el bienestar social de sus súbditos y promovió la educación y la cultura en sus tierras. Johann Wilhelm contrajo matrimonio con la princesa Carolina Reuss de Greiz en 1872, con quien tuvo tres hijos: Luis, Jorge y Ernesto. El duque falleció el 24 de enero de 1922 en Sibyllenort, Silesia, a la edad de 72 años. Fue sucedido por su hijo mayor, Luis.